По волі Вибраної ради були створені перші органи центрального державного управління — накази (чолобитний, помісний, розбійний,
розрядний і ін.)
В 1551 р. був скликаний Стоголовий собор, що отримав свою назву від збірки прийнятих на ньому рішень, 100 глав, що склали.
Іван IV, йдучи назустріч побажанням керівників церкви, проголосив недоторканність церковного майна. Проте монастирям було заборонене засновувати нову слободу в містах, приймати в дар і купувати землі без дозволу царського
уряду. «Стоглав» був основною збіркою норм внутрішнього життя духівництва в XVI— XVII вв. В 1556 р. Вибрана рада відмінила систему «годування», забезпечила притоку додаткових засобів в казну і встановила новий загальнодержавний
податок — паличну подать. Була проведена також військова реформа.
В 1560 р. Вибрана рада була ліквідована Іваном IV, що бажав зміцнити особисту владу і усунути від управління енергійних
і самостійно мислячих людей.
В період діяльності Вибраної ради Росія перейшла від ранньофеодальної до станово-представницької монархії. З'являються станово-представницькі
установи — Земські собори. Вони скликалися урядом для обговорення найважливіших питань внутрішньої і зовнішньої політики, граючи роль дорадчих органів.
Право скликання соборів належало царю.
Згубний вплив на розвиток економіки Росії надав введення Іваном Грізним опричнини (1565—1572). По указу царя було оголошене
про створення «особливого двору» з особливою територією, військом (спочатку входило близько тисячі чоловік) фінансами і управлінням (опричною Думою). В опричнину, тобто в царську долю, ввійшли території на заході, півночі і півдні
країни, землі з самим розвинутим питомо-князівським землеволодінням. Тут були самі розвинуті міста (Ярославль, Ростов Кострома і ін.), знаходилися важливі торгові шляхи, стратегічні форпости на межах. Доходи з опричнинных земель повинні були
поступати в государеву казну. На цих землях він поселив дворян, що склали так зване опричне військо яке підкорялося тільки царю. Ця організація стала каральним органом, що здійснював страти, посилання, опали. Був розгромлений
Клин, Торжок, Тверь, Новгород і інші міста, що опиралися введенню опричнини. Уряд ввів неосудність опричників суспільним органам влади і суду.
Решта частини держави отримала назву земщины. Нею як і раніше управляла боярська дума, вимушена зі всіх важливих питань
просити угоду царя.
Опричнина була по своїй суті аграрним переворотом середини XVI в. Її суттю був перерозподіл земель бояр на користь дворянства,
ліквідація незалежності крупного вотчинно-князівського землеволодіння і зміцнення центральної царської влади. Опричнина зіграла велику роль в посиленні економічної потужності царя. Іван Грізний жорстоко розправився з боярами і княжатами.
З 200 боярських пологів після опричнини залишилося не більше півтора десятка. При опалі конфіскувалося не тільки майно опальної людини, але і його документи (грамоти) на право користування землею і людьми,
що проживають на ній. Каральні дії викликали озлоблення у всіх верствах населення. Цар був вимушений в 1572 р. відмовитися від опричнини.
Певний вплив на розвиток економіки країни надала зовнішня політика Івана Грозного. Були завойовані Казанське (1552) і Астраханське
(1556) ханства. У володіння Росії перейшло все Поволжье, Західне Пріуралье; залежність від російського царя визнали нагайские і правителі кабардинців. Але поразкою Росії закінчилася триваюча четверть
століття Лівонськая війна за оволодіння побережжям Балтійського моря.
На розвиток економіки Росії істотний вплив надав приєднання Сибіру, що стало можливим в останній четверті XVI в. завдяки
ряду чинників.
1) Розвиток торгово-грошових відносин привів до розширення зовнішньоторговельних зв'язків Росії з іншими країнами і особливо
підвищеним попитом в європейських країнах користувалася російська хутровина.
2) Одночасно розширилися верстви населення (селяни, козаки, вольні і промислові люди), що складали основу для заселення
Сибіру.
3) Централізована держава, що окріпнула, володіла достатніми військовими і фінансовими можливостями для приєднання величезної,
важко освоюваної території, населеної різними народами (ханти, мансі, евенки, буряти, якути, хакаси і ін.).
4) Важливу роль в приєднанні Західного Сибіру зіграли купці і промисловці Строганови. Отримавши дозвіл від Івана Грізного
висунути форпости на Обь і Іртиш, вони запросили в 1577 р. загін козачого отамана Ермака Тимофійовича для захисту своїх володінь від набігів сибірського хана. В 1581 р. Ермак із загоном
в 1650 чоловік виступив в похід. Цар послав на допомогу Ермаку стрільців. Війська хана Кучума були розбиті на річках Тобол
і Іртиш. Сибірське ханство розпалося. В 1585 р. Ермак загинув в бою. Прхйдом Ермака було встановлене початок приєднанню Сибіру до
Російської держави.
Царський уряд був зацікавлений в утриманні і розширенні сибірських володінь, посилало до Сибіру своїх воєвод з ратними людьми,
доручаючи їм будувати укріплені міста і остроги. До Сибіру виселялися і їхали добровільно селяни прагнучі заволодіти обширними земельними угіддями.
Опричнина і Лівонськая війна привели в упадок господарство країни, усилили втечу селян з рідних місць — центр і північний
захід виявилися спустошеним. Тому в деяких районах країни в 1581—1582 рр. був тимчасово заборонений перехід селян до нових господарів (відміна Юрьева дня).